为缩小自治县城乡教育差距，优化教育资源，促进自治县义务教育均衡发展，在县委、县人民政府的正确领导和社会各界的大力支持下， 2009年6月将四十里城子镇、包尔海乡、查汗采开乡中心学校初中部与永宁镇中心学校进行合并，于2009年8月正式成立了焉耆回族自治县第三中学。

学校座落在美丽的开渡河畔，与永宁镇政府、农二师八一中学、农二师焉耆医院相邻，距县城约3公里。学校为一所民汉合一的九年一贯制学校（含一所幼儿园、一个教学点）。学校占地面积98亩。一期工程5350平方米的教学楼、3860平方米的学生公寓、1514平方米的餐厅、新建校门及校门通道2009年8月如期完工并投入使用。2011年10月学校9770平米的综合实验楼和教学楼、5000平米的学生公寓、15930平米标准化运动场（含塑胶跑道）、6500平方米的德育教育基地和校园文化景观区、480平方米的水冲式厕所将竣工。学校现有教职员工263人。在校学生数2078人（其中小学部864人，初中部818人，幼儿园396人；汉回1190人，维871人，蒙11人，其他民族6人）。寄宿生560人。