广东仲元中学始创于1934年春，是为纪念孙中山先生的得力助手、著名民主革命家邓仲元先生而命名的一所纪念中学。辛亥革命元老胡汉民是首任董事长，著名政治家刘芦隐为第一任校长。后因胡汉民逝世，董事会改组，蒋介石为名誉董事长，余汉谋为常务董事长。校址设在广州文德路广雅书局内（今广州中山图书馆附近）。
1937年抗日战争爆发后，学校先后迁往广州北郊蚌湖、韶关曲江鹤冲岗、粤东兴宁罗浮司乡、越秀山仲元图书馆办学。期间发生梁镜尧校长率仲元中学师生70余人与进犯日军展开血战，七英烈卫国捐躯事件，这英勇壮举令中外震惊，名垂千古。1942年正式命名为“广东省立仲元中学”。1946年8月，广东仲元中学迁至番禺市桥镇西郊大沙地继续办学至今。“文革”期间学校曾易名“市桥一中”、“番禺县第一中学”。1980年1月又复名为“广东省立仲元中学”。

广东仲元中学拥有优良的革命传统和深厚的文化底蕴。解放后，一直是省、市、区的重点中学。1994年6月被首批评定为“广东省一级学校”，2006年4月首批通过广东省国家级示范性高中初期督导验收。是广东省新课程省、市级样本学校。学校现址占地70050平方米，建筑面积61280平方米。学校师资力量雄厚，高级教师和具有研究生学历的教师共88人，占专任教师的45%。 广东仲元中学拥有与办学规模相适应的校园和校舍，实验室、现代信息教育中心、艺术中心、体育中心、图书馆、探究性实验室、标准400米田径运动场、1000兆计算机互联网络等配套办学设施一应俱全。为适应现代化教育的需要，实现了计算机等“多机一幕”进课室，教师普遍使用计算机、多媒体组织教育教学活动。